Problemen met de kerk
Sommige wetenschappers kwamen in de problemen met de kerk. Een voorbeeld hiervan is Galileo Galilei. Met een telescoop had hij vastgesteld dat de aarde om de zon draait, en niet andersom, zoals de kerk altijd had verkondigd. In de zestiende eeuw had de wetenschapper Copernicus dit al berekend, nu bleek dat hij gelijk had. De kerk was hier natuurlijk niet blij mee. Galileo moest voor de kerkelijke rechtbank verschijnen en werd veroordeeld tot levenslang huisarrest.
Filosofie en nieuwe uitvindingen
Filosofen gingen ook op een wetenschappelijke manier naar de wereld kijken. René Descartes vond dat je overal aan moest twijfelen om tot echte kennis te komen. Spinoza stelde dat God geen wonderen kan verrichten.
Nieuwe uitvindingen
Door alle experimenten werden veel nieuwe uitvindingen gedaan. Zo werd in deze tijd de microscoop sterk verbeterd door Antoni van Leeuwenhoek en vond Christiaan Huygens het slingeruurwerk uit. Jan Adriaanszoon Leeghwater maakte het met molens mogelijk om onder andere de Beemster, Schermer en Purmer droog te leggen. Hierdoor kwam er in de Republiek meer landbouwgrond beschikbaar. Machthebbers waren ook erg geïnteresseerd in wetenschap. Zij konden dit goed gebruiken in oorlogen. Er konden bijvoorbeeld betere vestingen worden gebouwd en de baan van een kanonskogel kon beter worden berekend.