Bij een auto-immuunziekte, zoals Ziekte van Crohn, worden lichaamseigen cellen door het afweersysteem aangevallen. Alle cellen presenteren aan MHC-I in het celmembraan delen van eiwitten die de cel zelf produceert. Doorgaans reageren T-lymfocyten niet op deze lichaamseigen peptiden, doordat onrijpe T-lymfocyten die lichaamseigen peptiden wél herkennen, bij de uitrijping worden vernietigd.
In welk orgaan of in welk weefsel vindt deze uitrijping en selectie van onrijpe T-lymfocyten plaats?