Tot ver in de 20e eeuw:- op basis van uiterlijke kenmerken
Vrij recentelijk: op basis van moleculaire homologie
- overeenkomsten in DNA sequenties
- overeenkomsten in eiwitbouw (homologie in aminozuurvolgorde (primaire structuur))
Hierdoor kunnen cladogrammen er totaal verschillend uitzien!
Een recente ontdekking op basis van indeling in moleculaire homologie laat zien dat walvissen zeer nauw verwant zijn aan hoefdieren.
Een blauwe vinvis is nauwer verwant aan een giraffe dan aan een haai.