Stikstof is niet schadelijk, te veel ammoniak en NOx wel.Stikstof zelf is niet schadelijk. Het is bijvoorbeeld het element waaruit stikstofgas is opgebouwd, dat voor bijna 80 procent de lucht vormt die wij inademen. Bij verbrandingen op hoge temperatuur, zoals in fabrieken of automotoren, komen stikstofoxiden (NOx) vrij. Die zijn wel schadelijk voor mens en natuur. Een andere stikstofverbinding die de natuur kan beschadigen is ammoniak, dat vrijkomt uit mest.
Een overmatige neerslag van beide stoffen in de natuur leidt tot verzuring, waardoor belangrijke voedingsstoffen uit de bodem verdwijnen. Het zorgt er ook voor dat plantensoorten die slecht tegen stikstof kunnen, worden verdrongen - net als de diersoorten die afhankelijk zijn van deze plantensoorten. Het leidt onder andere tot een afname van planten, insecten en vogels.