Samen met zijn tweeënhalf jaar oudere broer voetbalde 'Jopie' veel op straat. Later speelden ze ook samen in de jeugd van Ajax. Op de avond van 8 juli 1959, terwijl 'Jopie' Cruijff afscheid nam van de Groen van Prinstererschool aan de Zaaiersweg, overleed zijn vader, 45 jaar oud, aan de gevolgen van een hartaanval. Het overlijden van zijn vader was het grote drama uit Johans leven. Nog jarenlang zou hij denkbeeldige gesprekken met hem voeren.
Na de lagere school ging Johan vanaf september 1959 naar de Frankendaal-Ulo. Tussen de middag at hij geregeld bij zijn moeder en het gezin Buckingham. Hier maakte hij voor het eerst kennis met de Engelse taal. De school werd geen succes. Johan bleef tweemaal zitten en verliet na enkele jaren de Ulo zonder diploma. Via Ajax kreeg hij een baantje als winkelbediende bij Perry van der Kar aan de Ceintuurbaan. Na Johans huwelijk, in 1968, verwaterde het contact met zijn broer. Na de dood van hun moeder, in december 2007, hadden zij geen contact meer.
Op de bruiloft van ploeggenoot Piet Keizer, op 13 juni 1967, ontmoette Cruijff zijn toekomstige vrouw Danny Coster. Ze kregen verkering en op 2 december 1968 traden ze in het huwelijk. Ze gingen in Vinkeveen wonen en kregen drie kinderen.