BMI DNA verdieping LMA3 Les 3 en 4 5 en 6

• Biologie Laboratoriumtechniek
• MBO
• Studiejaar 3

Biomoleculaire Identificatie

Week 3

Brenda van der Rijt

Wat gaan we vandaag doen?

• Vragen over het vak
• Vragen over de theorieopgaven
• Herhaling Replicatie, Transcriptie & Translatie                                 & Genetisch Code

• Uitleg PCR 

Vragen? Over de praktijk of theorie?
Stel ze hier!

Vragen over de opgave uit de bundel
H1 - 3?

Als een cel gaat delen dan moet voorafgaand aan de mitose het DNA worden verdubbeld via

1. replicatie
2. transcriptie
3. translatie
4. eiwitsynthese

Deze DNA replicatie vindt plaats in welke fase van de cel cyclus?

1. G1
2. G2
3. S
4. M

Welk eiwit staat centraal in de DNA replicatie?

1. Ribosoom
2. Insuline
3. DNA polymerase
4. RNA polymerase

De nieuwe DNA streng wordt van ... naar ... aangemaakt

1. 7 naar 6
2. 3 naar 5
3. 5 naar 3
4. 1023 naar 3.141

Het centrale eiwit tijdens transcriptie is

1. RNA polymerase
2. DNA polymerase
3. Cytochroom C
4. Albumine

Wanneer wordt het proces van transcriptie en translatie van een gen aangezet? Leg uit.

De nieuwe RNA streng wordt van ... naar ... aangemaakt

1. 7 naar 6
2. 3 naar 5
3. 5 naar 3
4. 1023 naar 3.141

Welk eiwit leest de nucleotiden code van RNA en vertaalt dit naar een aminozuurcode?

1. Nucleotide
2. tRNA
3. Ligase
4. Ribosoom

Aan ieder ...1.. op het RNA kan een specifieke ..2... binden met een ...3... eraan vast.

Beschrijf het proces van translatie zo duidelijk mogelijk

Welke aminozuur volgordes leveren de volgende mRNA codes op?

A. 5’ CAUGCAUCGUUGAAG 3’

B. 5’ ACGGAUGAUUGUUUAA 3’

C. 5’ AUGGAGAAUUAGAGG 3’

D. 3’GAGUUGAGCCACCGUAG 5’

A. 5’ CAUGCAUCGUUGAAG 3’
B. 5’ ACGGAUGAUUGUUUAA 3’
C. 5’ AUGGAGAAUUAGAGG 3’
D. 3’GAGUUGAGCCACCGUAG 5’

Beschrijf de functie in de PCR reactie:
1. Taq polymerase 2. dNTPs 3. MgCl2 4. MiliQ
5. Template DNA 6. Primers

De PCR reactie is exponentieel, leg uit waarom

Echter, de hoeveelheid nieuw aangemaakte DNA strengen neemt toch af na 30+ cycli, waarom?

Waarom maak je een mastermix voor qPCR en PCR? Geef twee redenen.

Komende twee weken

• Theorie opgaven afmaken voor volgende week zondag. 
• H 4. Polymerase Chain Reaction (PCR)
  
• H.5. quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) (starten)
• Uitvoeren qPCR 1 (voorbereid aankomen in lab!)

Biomoleculaire Identificatie

Week 4

Brenda van der Rijt

Wat gaan we vandaag doen?

• Vragen over het vak
• Vragen over de theorieopgaven
• Herhaling PCR & Genetisch Code

• Uitleg PCR 

Vragen over de praktijk of theorie?

Vragen over de opgave uit de bundel
H4?

Welke aminozuur volgordes leveren de volgende mRNA codes op?

A. 5’ CAUGCAUCGUUGAAG 3’

B. 5’ ACGGAUGAUUGUUUAA 3’

C. 5’ AUGGAGAAUUAGAGG 3’

D. 3’GAGUUGAGCCACCGUAG 5’

De PCR reactie is exponentieel, leg uit waarom

Waarom maak je een mastermix voor qPCR en PCR? Geef twee redenen.

03:18

Leg uit waarom de hoeveelheid Target DNA wel en de rest van het template DNA niet exponentieel wordt vermenigvuldigd

Wat is qPCR?

quantitative

Polymerase

Chain 

Reaction

Leg het verschil uit tussen kwantitatief en kwalitatief

qPCR voordeel

Hoe kijk je bij een normale PCR naar hoeveel product je vormt?

Kun je deze hoeveelheidsbepaling per cyclus doen?

Is deze bepaling erg nauwkeurig?

SYBR green

TaqMan probe

Neem de hoeveelheid fluorescentie exponentieel of liniair toe? leg uit

Komende week

Theorie opgaven afmaken voor as zondag. 

4. Polymerase Chain Reaction (PCR)

Tweede groep:

UItvoeren qPCR 1 (voorbereid aankomen in lab!)

PCR op gel

Biomoleculaire Identificatie

Week 5

Brenda van der Rijt

Wat gaan we vandaag doen?

• Vragen over het vak
• Herhaling qPCR 

• Uitleg PCR 
• Werken aan opdracht qPCR

Vragen? Over vak of over opgaven?

0

SYBR green

TaqMan probe

Iedere cyclus verdubbelt het target DNA

Is de X as in de qPCR grafiek logaritmisch/exponentieel of liniair? Leg uit.

Is de Y as in de qPCR grafiek logaritmisch/exponentieel of liniair? Leg uit.

Stel je hebt een 100% effectieve qPCR, en je begint met 10 moleculen target DNA. Hoeveel moleculen heb je na 3 cycli?

1. 10
2. 30
3. 40
4. 80

Stel je hebt een 100% effectieve qPCR, en je begint met 10 moleculen target DNA. Hoeveel moleculen heb je na 7 cycli?

1. 640
2. 1280
3. 320
4. 1350

100% efficiënte PCR 

y = eind hoeveelheid moleculen

x = starthoeveelheid moleculen

y=x⋅2​Cyclus​​

Hoeveel moleculen heb je bij een 100% efficiente qPCR als je start met 4591 na 12 cycli?

y=x⋅2​Cyclus​​

y=x⋅2​Cyclus​​

y=x⋅2​Cyclus​​

y=x⋅2​Cyclus​​

y=x⋅2​cyclus​​

1. 1249061
2. 18804736
3. 233859034
4. 29458210

Stel een monster met 50 moleculen target DNA heeft een Ct waarde van 24, wat is de Ct waarde van een monster met 100 moleculen target DNA?

Wat gebeurt er met de Ct waarde als je een monster 2x verdunt? En als je het 16x verdunt?

Hier is een qPCR op een verdunningsreeks ingezet. Wat is hiervan het nut?

Wat voor een verschil in Ct waardes verwacht je tussen de verdunningen?

y=a⋅2​cyclus​​

Is deze controle succesvol?

Wat zou een reden kunnen zijn voor een afwijkende verdunningsreeks?

Komende twee weken

Theorie opgaven voor zondag:

5. Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR)

Practicum:

qPCR 2 (monsters meenemen)

qPCR 1 data verwerking

Hier is een qPCR op een verdunningsreeks ingezet. Wat is hiervan het nut?

Wat voor een verschil in Ct waardes verwacht je tussen de verdunningen?

y=a⋅2​cyclus​​

Is deze controle succesvol?

Wat zou een reden kunnen zijn voor een afwijkende verdunningsreeks?

0

Biomoleculaire Identificatie

Week 6

Brenda van der Rijt

Wat gaan we vandaag doen?

• Vragen over het vak / examen?

• Uitleg qPCR 
• Uitleg RT-PCR

Vragen over het vak/examen?

Hier is een qPCR op een verdunningsreeks ingezet. Wat is hiervan het nut?

Wat voor een verschil in Ct waardes verwacht je tussen de verdunningen?

y=a⋅2​cyclus​​

Is deze controle succesvol?

Wat zou een reden kunnen zijn voor een afwijkende verdunningsreeks?

Zoek een andere toepassing van
qRT-PCR op.

Wat te doen voor examen?

- Doornemen bundel; Focus op qPCR principe, uitvoering en  Kritisch kijken naar resultaten en betrouwbaarheid.

- Afmaken labjournaal; Meenemen voor inzage

- Doorlezen examendocument; Waar wordt je op beoordeeld

Vragen over het vak/examen?