DNA Profiel Lessen MOEMA

• Biologie Laboratoriumtechniek
• MBO
• Studiejaar 2

DNA Profiel 

Theorielessen

Max Moeskops

Planning van de les

SBIS bekijken: update Planning/ Insteek van het vak.

Opfrissen / verbeteren achtergrondkennis DNA

Theorie: H 2.6 en 2.7

In welk organel bevindt het DNA zich?

1. Mitochondrium
2. Chloroplast
3. Nucleus
4. Golgi apparaat

Wat is de functie van DNA in een cel?

Uit welke bouwstenen bestaat DNA?

1. Aminozuren
2. Fosfolipiden
3. Triglyceriden
4. Nucleotiden

Benoem onderdeel 1, 2 en 3.

Waar staat de afkorting DNA voor?

1. Deoxyribose Nucleic Acid
2. Dubbelstrengs Nucleine Acide
3. Ribose Nucleic Acid
4. Double nucleic acid

Bij welk stuk DNA komen de strengen makkelijker van elkaar los: Een met veel C-G paren of een met veel A-T paren?

Hoe heten de verbindingen tussen de twee DNA strengen in een dubbele helix?

Benoem de 4 verschillende stikstofbasen van DNA.

Hoe heten de enzymen die DNA strengen in stukken kunnen knippen?

Hoe noemen we het knippen van DNA ook wel in de moleculaire biologie?

Waar staat REA voor?

Schrijf per monster (1tm4) de grootte van de DNA segmenten op

Restrictie enzymen kunnen DNA op twee manieren knippen. Benoem de twee verschillende uiteindes die worden gevormd.

lesplan

- herhaling DNA

- Virussen / Restrictie Enzymen

- DNA-Exp-1.1 REA Lambda

DNA-Exp-2.1 Isolatie

DNA-Exp-2.2 Nanodrop

- DNA-Exp-1.2 Gel

DNA-Exp-2.3 REA

Waaruit bestaat de backbone van het DNA?

Het 1' C atoom zit vast aan de ........, en het 5'C atoom zit vast aan de ..........

Wat is de functie van restrictie enzymen voor bacteriën?

Waarom gebruiken we in het lab altijd type 2?

Leg uit waar de naam sticky end vandaan komt? Waarom heet het zo?

AGT.....
..........

ACG.....
...............

Welke knipt sticky?

1. Xma 1
2. Sma 1

Welke knipt blunt?

1. Xma 1
2. Sma 1

Upload foto van palindroom knippen

Huiswerk

Maken 

H1.1

H1.2

H2.6

Wanneer moet het DNA van een cel zich kopiëren/verdubbelen (DNA replicatie)?

Kijkend naar het plaatje, waarvoor dient de genetische informatie in het DNA dan?

Plan

Opfrissing / aanvulling H1.1 en 1.2

Behandelen Vragen theoriebundel H1.1, 1.2, 2.6

Bespreken opdracht Palindroom

Steractiviteit van restrictie-enzymen

In welk onderdeel van het nucleinezuur zit de genetische informatie opgeslagen?

1. Fosfaatgroep
2. Suiker (Ribose/Deoxyribose)
3. Stikstofbase

Aan welk C atoom van het suikermolecuul zit het verschil tussen Deoxyribose en ribose?

1. 1
2. 2
3. 3
4. 4

Benoem de drie verschillen tussen DNA en RNA nucleïnezuren.

Nummering C atomen

Het 3' uiteinde van de rechter weergegeven nucleotide keten zit

1. Boven
2. Onder

Schrijf de genetische code uit van de nucleotide keten rechts

Bespreken Huiswerkvragen

H1.1, 1.2, 2.6

Steractiviteit

Door non optimale omstandigheden verliest het restrictie enzym zijn specificiteit voor de palindroom sequentie. Hierdoor ontstaat aspecifieke digestie.

Noem een factor waardoor ster activiteit kan ontstaan in een experiment.

Zijn er nog zaken waar ik extra aandacht aan zou kunnen besteden?

DNA profiel les 26-02

Focus op:

Plasmide kaart lezen en mee werken

Verschillende vormen van plasmiden

Smeer in je gel?

Ladder gebruik

Nanodrop kwaliteitscontrole

Welke DNA fragmenten verwacht je als je digestie uitvoert op pGFPuv met AlwNI en FspI?

Bonus: en met KpnI, ZraI en ScaI?

We hebben een plasmide van 5400 bp lang, we knippen deze op 3 plekken met Ecor1: op bp 20, op bp 850 en op bp 2000.
Welke DNA fragmenten ontstaan uit deze digestie?

Plaats in volgorde van snel naar traag door gel: Lineair, Supercoiled, Nicked plasmide

Heb je een verklaring waarom verschillende vormen van dezelfde plasmide op andere plekken in de gel belanden?

Wat is bij laan 4 gebeurd?

Hoe zou zo'n smeervlek van DNA in de gel kunnen ontstaan?

Geef de hoeveelheid bp per monster. Gebruik de ladder!

Waarom kun je geen 100bp ladder gebruiken voor deze monsters?

Huiswerk

Praktijkvoorbereiding (vrijdag praktijkfocus in digitale les)

Lezen en opgaven maken voor volgende theorielessen:

H1.3, H2.1, H2.2, H2.3, H2.7

Praktijk gefocuste theorieles DNA 05-03

2 maal Max Moeskops

Plan

Herhaling plasmidekaart lezen

Nanodrop kwaliteitscontrole

Gel elektroforese kwaliteitscontrole

-> Huiswerkvragen? Leerdoelen! <-

Hoeveel basenparen is deze plasmide lang?

Waarvoor dient een ORI?

Hoeveel genen zitten er in deze plasmide?

Hoeveel genen zitten er in deze plasmide?

Stel je knipt met PsiI, AlwnI en EcoRI. Hoe groot worden de stukken DNA dan?

Stel je wil het GFP gen eruit halen en een ander gen voor in de plaats doen. Waarmee knip je GFP eruit?

wat zijn randvoorwaarden? Sticky ends, promotor behouden?

Hoe knip en plak je?

Stel het GFP gen is eruit gehaald, en je wil een nieuw gen inbrengen, aan welke voorwaarde moet deze nieuwe DNA streng voldoen om erin te kunnen gaan?

wat zijn randvoorwaarden? Sticky ends, promotor behouden?

Google tijd: Wat horen de 260/230, en 260/280 waarden in bij de Nanodrop te zijn voor goede monsters? En wat houden te hoge/lage waarden in?

Wat is steractiviteit en wanneer vindt het plaats?

Hoe komt het dat je ongeknipte controle plasmide 3 bandjes kan laten zien in je gel?

Is het een goed teken als je 3 verschillende bandjes krijgt bij je ongeknipte controle? Waarom wel/niet?

Wat is bij laan 4 gebeurd?

Geef een mogelijke verklaring voor de smeer in de gel

Huiswerk

Praktijkvoorbereiding 

Lezen en opgaven maken voor volgende theorielessen (start volgende week):

H1.3, H2.1, H2.2, H2.3, H2.7

Theorieles Profiel DNA

12-03-2021

Plan

Herhaling:

Knippen en plakken plasmiden

Ster activiteit

Plasmiden vorm

Smeer in gel

Behandeling:

Stappen eiwitsynthese + typen RNA

00:29

Stel ik groei mijn pGFPuv plasmide bevattende bacteriën in een medium met ampicilline. Kunnen de bacteriën zonder de pGFPuv plasmide dan overleven?

00:43

Deze plasmide is opengeknipt met restrictie enzym BamH1. Welke sticky ends moet het stuk DNA hebben wat je wil inbrengen in de plasmide? Schrijf dit uit

02:00

Door het inbrengen van het nieuwe stuk DNA wordt het beta-galactosidase gen onderbroken. Dit produceert normaal een enzym wat een kleurstof omzet. Leg uit waarom het handig is om een nieuw stuk DNA in te brengen in het gen van beta galactosidase?

Ligase wordt toegevoegd om backbone aan elkaar te plakken met covalente bindingen

Zelfde restrictie enzym, twee verschillende buffers. Verklaar de verschillen.

Leg ster activiteit uit:
1. wat veroorzaakt het
2. hoe verandert het de werking van het restrictie enzym
3. Hoe zie je het op de gel?

Beschrijf wat de eenheid Unit inhoudt

Hoe komt het dat je ongeknipte controle plasmide 3 bandjes kan laten zien in je gel? Is dit een goed teken?

Geef een mogelijke verklaring voor de smeer in de gel

Leerdoelen uitleg eiwitsynthese

- Je kunt de verschillende vormen van RNA beschrijven, benoemen wat de functie is en aangeven waar deze typen RNA zich in de cel bevinden.

- Je kunt de stappen van eiwitsynthese van DNA tot aminozuurketen in eukaryoten uitleggen en de betrokken enzymen en typen RNA benoemen.

we gaan de organellen af door eiwitproductie te bespreken (dan komen ze bijna allemaal aan bod)

Geef de naam van een eiwit en zijn functie. Gebruik google indien nodig

Waar bevindt dat DNA recept zich dan?

1. Cytoplasma
2. Celmembraan
3. Eiwit
4. Celkern

Waarom moeten we een RNA kopie maken van het DNA om de eiwit recept informatie uit de kern te krijgen?

2. De RNA kopie is steviger
3. Dan past het door de kernporie
4. Het DNA zit vastgeplakt in de kern

Het nucleïnezuur 1....... wordt door een 2....... afgelezen, deze maakt gebruikt van 3....... om een keten van 4.......... te vormen. Deze keten van 4.......... noemen we ook wel een 5............

Per 3 basen (Codon) wordt het RNA afgelezen door een ribosoom. Aan iedere codon koppelt een specifieke tRNA met daarop een eigen aminozuur. Afleesrichting: 5' naar 3' 

Linkerkant van RNA streng in plaatje is het ..... uiteinde

1. 5'
2. 3'

Online Theorie 19-03-2021

Plan

- Herhalen stappenplan eiwitproductie

- Transcriptie inzoomen

- Translatie inzoomen en oefenen

- Behandelen IBM voorbereidingsles

Herhaling transcriptie translatie: https://www.youtube.com/watch?v=gG7uCskUOrA

In welke richting wordt het mRNA afgelezen door het ribosoom?

Schrijf het codon en de bijbehorende nucleotide op.

Maak de opgaven en maak een foto

00:07

Wat voor een cel is dit?

1. Dier
2. Plant
3. Schimmel
4. Bacterie

00:20

Wat is een ander woord voor nucleus?

1. Nucleair
2. Celwand
3. Celkern
4. Ribosoom

00:22

Waar vlogen we zojuist doorheen?

1. Chromosoom
2. Plasmodesmata
3. Robosoom
4. Kernporie

00:43

Een gen is het DNA recept voor een eiwit

01:12

Van wat voor materiaal is deze kopie van het gen gemaakt?

1. Fosfolipiden
2. DNA
3. RNA
4. Vetzuren

01:43

Beschrijf de functie van het ribosoom

01:55

Aminozuren zijn de bouwstenen van:

1. RNA
2. Eiwitten
3. Vetten
4. DNA

02:30

Is dit nieuw gevormde eiwit bedoeld om de cel uit te gaan of in het cytoplasma te zijn?

1. In het cytoplasma
2. Buiten de cel

02:30

Wanneer gaat een cel transcriptie uitvoeren op een gen in zijn DNA?

02:30

De RNA polymerase loopt van ........ over de DNA template streng en vormt hierbij een RNA kopie van ..........

1. 5'naar 3' 3'naar 5'
2. 3'naar 5' 5' naar 3'
3. 3' naar 5' 3' naar 5'
4. 5'' naar 3'' 5'' naar 3''

02:30

Huiswerk

Volledig Hoofdstuk 3. Lezen en opgaven maken. 

Vrijdag plan:

H2.2 en 2.3

DNA replicatie in vivo en in vitro