Tijdens de Eerste Kruistocht in 1099 namen de kruisvaarders Jeruzalem in en richtten in de moskee een bloederige slachting aan; dit is door de christelijke kroniekschrijver Fulcher van Chartres beschreven.
De belegerden, die in en zelfs op de moskee waren gevlucht, werden met pijlen gedood en van het dak geworpen. Binnen werden 10.000 personen onthoofd, vrouwen en kinderen niet uitgezonderd. Men waadde er enkeldiep door het bloed, nog steeds volgens Fulcher. Zijn Arabische tegenhanger Ali Ibn al-Athir had het over 70.000 doden.