Minder dan een kwart van de patiënten krijgt symptomen van gele koorts. De incubatietijd is vrij kort met 3-6 dagen. Hierna ontstaan de klachten die uiteen kunnen lopen van de klachten van een 'griepje' tot een ernstige hemorragische koorts. De klachten beginnen acuut en zijn meestal hoge koorts, spierpijn, algehele malaise, hoofdpijn, misselijkheid, braken en mogelijk geelzucht. De polsslag is vaak langzamer dan verwacht. Hierna treedt een herstel op waarna een klein deel van de patiënten enkele uren tot een dag later alsnog ernstige ziekteverschijnselen krijgt. De klachten zijn dan (bloederige) diarree en andere bloedingen, buikpijn, ernstige geelzucht (gele huid en een geel oogwit), neurologische afwijkingen en shock. Tot de helft van deze groep overlijdt aan de ziekte.