Longontsteking kan veroorzaakt worden door verschillende micro-organismen. De longblaasjes en het omringende weefsel raken ontstoken door bacteriën (pneumokokken, streptokokken, stafylokokken of een combinatie hiervan), virussen of schimmels. Het micro-organisme dat de ontsteking veroorzaakt, wordt geïnhaleerd of komt in de longen door verslikking.