18.5 Eiwitten in een cel

• Biologie
• Middelbare school
• vwo
• Leerjaar 6

Paragraaf 1 Dierenwelzijn

Paragraaf 18.5      Eiwitten in een cel

Leerdoel 18.5

• Je kunt uitleggen op welke manier je een eiwitprofiel van een cel kunt maken; DNA-microarray, 2D-gelelektroforese, massaspectrografie.
  

Proteoom

Proteoom:

• het totaal aan aanwezige eiwitten in een cel op een bepaald moment

Proteomics:

• studie naar de aanwezigheid van eiwitten in een cel 

Technieken

DNA-micro array:

• aantonen aanwezig RNA in de cel

2D electroforese:

• eiwitten scheiden op lading en gewicht

Massaspectografie:

• hoeveelheid eiwit van bepaald gewicht meten

DNA micro array

1. mRNA uit een cel wordt geisoleerd

DNA micro array

2. mRNA wordt met behulp van reverse transcriptase terugvertaald naar cDNA (met fluorescerende nucleotiden)

DNA micro array

Het cDNA bevat geen

introns

Het cDNA is

complementair aan

de coderende streng

(en niet aan het gen zelf!)

DNA micro array

3. cDNA stukjes worden opgebracht op een micro-array (plaat met heel veel gaatjes!)

DNA micro array

3. In de vakjes van die micro-array bevinden zich stukken van de coderende streng van interessante genen

DNA micro array

3. Alleen de stukken cDNA die complementair zijn aan de DNA stukken in de vakjes blijven zitten

DNA micro array

4. Je kunt zien van welke genen mRNA aanwezig was in de cel door de fluorescentie

Filmpje Micro-array

Vond je dit nog lastig? Of wil je extra uitleg?

Bekijk het filmpje op de volgende dia (8min)

2D electroforese

1. Eiwitten worden in een pH kolom

gescheiden op basis van lading:

* bij een lage pH zijn eiwitten positief

geladen, bij een hoge pH negatief.

* bij een bepaalde pH is het eiwit neutraal

en blijft daar 'hangen' -> iso-elektrisch

punt

2D electroforese

2. Eiwitten met hetzelfde iso-

elektrisch punt scheiden op

gewicht.

* eiwitten migreren naar de +pool

* kleine eiwitten migreren sneller

Filmpje 2D electroforese

Vond je dit nog lastig? Of wil je extra uitleg?

Bekijk het filmpje op de volgende dia (5min)

Massaspectometrie

Eerst worden de eiwitten

ge-ioniseerd. Daarna

versneld. De iondetector

meet hoeveel ionen er

per tijdseenheid op

terecht komen. De zwaardere ionen (dus de zwaardere eiwitten) komen later dan de lichte

Bevat het cDNA alleen introns, alleen exons, of beide?

1. alleen introns
2. alleen exons
3. zowel introns als exons

Wat doet reverse transcriptase?

1. maakt van DNA mRNA
2. Maakt van mRNA cDNA
3. Maakt met mRNA via tRNA eiwitten
4. Haalt bij het mRNA de introns weg

Leg het principe achter DNA-microarray uit