Doordat mensen zelf na gingen denken ontstonden er veranderingen.
Er ontstonden nieuwe kloosterorden waar de bewoners eenvoudig of zelfs in armoede leefden.
Sommige mensen wezen belangrijke delen van de officiële kerkleer af. Dit accepteerde de kerk niet. Ze noemden deze mensen ketters en richtte een speciale kerkelijke rechtbank op, de inquisitie, om deze mensen op te sporen en op te pakken. De mensen werden gemarteld en als ze niet terugkeerden naar de officiële kerkleer werden ze op de brandstapel gezet.