Vóór een massa spectrometer zit vaak een apparaat om de stoffen eerst te scheiden.
Zo gaan ze één voor één de MS in.
Bijv. GC-MS (gaschromatograaf-massaspectrometer)
In de MS worden atoombindingen in de moleculen van de onderzochte stoffen door een elektronen bombardement kapot gemaakt. Er ontstaan vervolgens fragmenten.
Deze fragmenten worden een voor een gemeten.