Wat hebben DNA en data met elkaar te maken?

Ondertitel
Wat hebben DNA en data met elkaar te maken?
Een les over data-opslag in synthetisch DNA
1 / 21
volgende
Slide 1: Tekstslide
InformaticaBio+1Middelbare schoolhavo, vwoLeerjaar 4-6

In deze les zitten 21 slides, met interactieve quizzen en tekstslides.

time-iconLesduur is: 15 min

Introductie

Deze module is een kort onderdeel dat in verschillende lessen ingezet kan worden. Leerlingen worden aan het denken gezet over de concepten van data en DNA, en zien waar deze concepten binnen technologische ontwikkelingen samen kunnen komen. Is DNA de toekomst voor dataopslag?

Instructies

Voorkennis van leerlingen
De leerlingen hebben geen voorkennis nodig. Als leerlingen al voorkennis hebben over DNA kan eventueel meer diepgang gegeven worden in de les - dit is toegelicht bij slide 11. 

Voorbereiding voor docent
Zorg dat elke leerling een laptop en een rekenmachine heeft.

Leerdoelen/vaardigheden
Na deze les...
  • kun je toelichten wat data is.
  • kun je toelichten wat DNA is.
  • heb je een beeld van wat data en DNA samen kunnen betekenen.

Aansluiting curriculum
Deze les sluit aan bij de volgende onderwerpen uit het curriculum:

Biologie:
  • het concept DNA 
Informatica:
  • het concept data
  • algoritmen 




Onderdelen in deze les

Ondertitel
Wat hebben DNA en data met elkaar te maken?
Een les over data-opslag in synthetisch DNA

Slide 1 - Tekstslide

Deze slide heeft geen instructies

Les 1. Wat is creativiteit?
Informatie voor de docent

Benodigdheden

Iconen







Zet het vinkje 'toon bij leerling' aan
Toon notities bij elke dia
Navigeren door de les
Vergroot een afbeelding
Klik hier
Hotspot met meer informatie
laptop voor elke leerling
rekenmachine voor elke leerling

Slide 2 - Tekstslide

Deze slide heeft geen instructies

Les 1. Wat is creativiteit?
Leerdoelen
Na deze les...

  • kun je in eigen woorden toelichten wat data is.
  • kun je in eigen woorden toelichten wat DNA is.
  • heb je een beeld van wat data en DNA samen kunnen betekenen.

Slide 3 - Tekstslide

Deze slide heeft geen instructies

Wat is data?

Slide 4 - Woordweb

Om leerlingen zelf aan het denken te zetten, wordt gestart met een woordweb vraag over de definitie van data - voordat op de volgende slide een overkoepelende definitie gedeeld wordt. 
Les 1. Wat is creativiteit?
Data is: 
 die geïnterpreteerd moet worden om betekenis te hebben
Feitelijke informatie
 

Slide 5 - Tekstslide

Informatie 
Hier kan op verschillende dieptes op in gegaan worden. Deze definitie is gegeven om stil te kunnen staan bij wat data concreet nu eigenlijk is. Het principe dat het losse informatie is die altijd nog een interpretatie nodig heeft betekent ook dat wanneer we op de volgende slides ingaan op dataopslag, het dus gaat over het opslaan van die stukjes informatie. 

Les 1. Wat is creativiteit?
Digitale data

Slide 6 - Tekstslide

Tekst 
In het geval van digitale data, wordt de informatie opgeslagen in de vorm van nullen en enen. Deze binaire code is als het ware de 'vertaling' van de informatie. 
Les 1. Wat is creativiteit?
Hoe groot is data

Slide 7 - Tekstslide

Tekst 
Digitale data wordt op allerlei verschillende manieren geproduceerd, en op verschillende schalen.
Hoe meer informatie, hoe groter de hoeveelheid data die hiervoor gegenereerd wordt. Een whatsapp berichtje naar iemand sturen is bijvoorbeeld ongeveer 1 kB. Een kort spraakbericht bevat meer informatie om over te brengen, en is zo'n 100 kB. 100 keer zoveel als een getypt berichtje dus. Een afbeelding is al snel 1 MB: 1000 keer zoveel als een getypt berichtje.

Les 1. Wat is creativiteit?
Hoe groot is data
2010
2019
2022
van kilo naar zetta (en verder)

Slide 8 - Tekstslide

Tekst 
Per persoon kom je hiermee niet op ontzettend grote aantallen, maar wat gebeurt er als je kijkt naar alle data die gecreeerd wordt? (verandering in perspectief voor databegrip)

In 2010 werd over de hele wereld 2 ZB (zettabyte) aan digitale data gecreeerd. Dat is een 2 met 21 nullen erachter (!!!). In 2019 stond de teller op 41 ZB, in 2022 97 ZB. 


Vraag
Even in verhouding: hoeveel tekstberichten zou het per persoon per dag ongeveer kosten om in een jaar aan 2 ZB aan data te komen?
A
700.000.000
B
70.000
C
7000.000
D
7.000.000.000

Slide 9 - Quizvraag

Tekst 
Data wordt op veel grotere schalen geproduceerd dan alleen persoonlijk. Reken maar uit! 

Toelichting
Dit is uitgaande van ongeveer 8 miljard wereldbewoners en 365 dagen in een jaar, dus 2*10^21 / 365 / (8*10^9). Dit geeft afgerond 685.000.000 , wat voor de overzichtelijkheid is afgerond naar 700.000.000 voor de meerkeuzeopties in deze vraag. 
Les 1. Wat is creativiteit?
Hoe groot is data
2010
2019
2022

Slide 10 - Tekstslide

Tekst 
De voorspellingen voor de komende jaren lopen uiteen, maar de hoeveelheid data groeit dus exponentieel. Die exponentiële groei van digitale data leidt er ook toe dat we op een punt kunnen komen dat er meer data geproduceerd wordt dan opgeslagen kan worden met huidige technieken. 


 Vraag
Maar wat heeft die exponentiële groei van de hoeveelheid data met DNA te maken?
Typ hier je antwoord:

Slide 11 - Open vraag

Tekst 
In oplossingen wordt naar DNA gekeken, maar wat heeft dat hier nu precies mee te maken? 

Les 1. Wat is creativiteit?
DNA is:
informatie
een code van A,C,T,G
Een biologisch macromolecuul dat onze genetische code bevat,

waarbij de volgorde van basen de informatie bepaalt. 

Slide 12 - Tekstslide

Toelichting
DNA is een biologisch macromolecuul dat informatie bevat (onze genetische code), waarbij de volgorde van basen de informatie bepaalt. 

Er wordt bij DNA dus informatie opgeslagen in een code. We zagen net dat digitale data informatie is in de vorm van binaire code. Precies daar ligt een heel interessante overeenkomst waar onderzoekers zich mee bezighouden: wat als je data opslaat in de vorm van DNA?
---- 
Over wat DNA is kan uitgebreid ingegaan worden. In deze module ligt de nadruk op twee elementen: 

- informatieopslag in de vorm van genetische code 
- code in de vorm van een sequentie van A, C, T, en G

Afhankelijk van de voorkennis die leerlingen hebben en het lesdoel kan deze definitie uitgebreid worden 

Les 1. Wat is creativiteit?
DNA data-opslag
Wat maakt DNA data-opslag effectief?

Ontzettend hoge datadichtheid:
per gram DNA kan heel veel data opgeslagen worden, in theorie zelfs 200 petabyte per gram!
15 zettabyte data

Slide 13 - Tekstslide

Tekst 
DNA is een heel effectieve vorm van dataopslag. De datadichtheid is ontzettend hoog: dat betekent dat er per gram DNA heel veel data opgeslagen kan worden. 

Hoe veel is heel veel? Stel je voor dat je verfblikken vult met data-DNA. Per blik zou je dan zo'n 5 zettabyte aan data kwijt kunnen. Die enorme aantallen digitale data die we eerder zagen langskomen passen dan opeens in je kofferbak. 
Opdracht
Maak het diagram compleet om het proces in beeld te krijgen:
binarisatie
coderen
DNA synthese

Slide 14 - Sleepvraag

DNA kan synthetisch gemaakt worden, waarbij het een specifieke volgorde kan krijgen die codeert voor specifieke data. 
Les 1. Wat is creativiteit?
Hoe werkt het:
Digitale data (in de vorm van nullen en enen) wordt met een zogenoemd encoding algoritme omgezet naar DNA data:
Vervolgens wordt kunstmatig DNA gemaakt, met de 'code' van A (adenine), T (thymine), C (cytosine), en G (guanine). 

Slide 15 - Tekstslide

Elk stukje digitale data wordt omgezet naar DNA-data. Deze codering gebeurt aan de hand van een encoding algoritme, wat een vertaling oplevert voor de binaire code naar basen. Zo kan aan de hand van de codering vervolgens kunstmatig DNA gemaakt worden dat een vertaling is van de data waar mee gestart is. 
Les 1. Wat is creativiteit?
En weer terug:
Vanuit dat gemaakte DNA kunnen we alle stappen van het diagram ook weer terug volgen, om bij de oorspronkelijke data te komen.   
DNA sequencing
decoderen
uitlezen

Slide 16 - Tekstslide

Deze slide heeft geen instructies

Les 1. Wat is creativiteit?
Je hebt in deze les: 

  • ... gekeken naar wat data is en hoe groot dit eigenlijk is.
  • ... geleerd hoe data opgeslagen kan worden in DNA, en waarom we dit zouden doen! 
Terugblik

Slide 17 - Tekstslide

Deze slide heeft geen instructies

Les 1. Wat is creativiteit?
Meer weten?
Bij het implementeren van dataopslag in DNA komt veel onderzoek kijken:
Dit onderwerp valt in het veld van synthetische biologie. In synthetische biologie worden allerlei vakgebieden gecombineerd - denk bijvoorbeeld aan biologie, natuurkunde, scheikunde, en informatica.  
Studenten aan de slag met synthetische biologie
iGEM is een wereldwijde competitie waar meerdere studententeams uit Nederland aan meedoen. Benieuwd met wat voor onderwerpen ze zich bezig houden? Kijk eens op de links hieronder:




Slide 18 - Tekstslide

Deze slide heeft geen instructies

Les 1. Wat is creativiteit?
De makers van deze les willen graag weten wat je van de les vond.

Ga daarvoor naar de (korte) vragenlijst:


Heel veel dank!

Feedback gevraagd
Klik op de link of scan de QR-code

Slide 19 - Tekstslide

Deze slide heeft geen instructies

Les 1. Wat is creativiteit?
Auteurs
Pre-TU/e - Emily van Leemput 

Powered by
4TU

Meer informatie of opmerkingen
https://www.4tu.nl/vo/
Colofon

Slide 20 - Tekstslide

SLIDE NOG VERVANGEN VOOR NIEUW
Les 1. Wat is creativiteit?
Bögels, B. W., Nguyen, B. H., Ward, D., Gascoigne, L., Schrijver, D. P., Makri Pistikou, A. M., ... & de Greef, T. F. (2023). DNA storage in thermoresponsive microcapsules for repeated random multiplexed data access. Nature Nanotechnology, 18(8), 912-921.

DDW Drivers of Change (2023). Storing digital data in DNA. https://youtu.be/NKTg5yvwRP0?si=1t3Ba2-n-pE3ghJ1

de Greef, T.F.A. (2023). Toekomstige Technologieën voor Opslag van “Koude” Data. Presentatie Tech en Data dag het Kadaster. 



Bronnen

Slide 21 - Tekstslide

Deze slide heeft geen instructies