1. Er gaat iets mis in de aanleg van de hersenen waardoor de linker hersenhelft langzamer ontwikkelt dan de rechter helft.
2. Een deel van de informatieverwerking in de hersenen verloopt niet snel genoeg.
3. Verlaagde activiteit in de hersengebieden voor woordherkenning en woordanalyse.
Naast deze drie theorieën is de wetenschap het er in ieder geval over eens dat dyslexie in grote mate erfelijk bepaald is. Kinderen van ouders met dyslexie hebben een grotere kans om zelf dyslexie te krijgen, dan kinderen waarbij geen dyslexie in de familie voorkomt.