Tweede trimester (vanaf week 13) en derde trimester (vanaf week 28)
In het tweede en derde trimester ligt de nadruk niet zozeer meer op aangeboren afwijkingen. In deze periode kan verstoring van de rijping of de functie van de organen optreden, bijvoorbeeld van het centrale zenuwstelsel. Dit kan effecten hebben op de latere ontwikkeling van het kind, zoals gedrag, IQ of motoriek.
Er kunnen farmacologische effecten optreden (te laag bloedsuikergehalte bij de geboorte, beïnvloeding van het foetaal hartritme of onthoudingsverschijnselen).
Toch kunnen ook in deze periode nog aangeboren afwijkingen ontstaan, bijvoorbeeld afwijkingen aan de ledematen.