De houding van de Indonesiërs ten opzichte van de Japanners werd tijdens de bezetting minder positief. De Japanners hielden het voedsel en de grondstoffen grotendeels voor zich zelf. Voor de plaatselijke bevolking bleef nauwelijks eten over. Op Java stierven honderdduizenden mensen door honger en ziekten. Ook dwong Japan honderdduizenden jonge Indonesiërs om te werken aan de aanleg van wegen, vliegvelden en spoorlijnen, zoals de Birmaspoorweg. Deze jonge dwangarbeiders, 'romusha's', werden van Java naar andere landen gebracht die ook door Japan waren bezet. Uiteindelijk keerde slechts een kwart van de romusha's terug naar Indonesië.