Proteasoom: eiwitcomplex dat eiwitmoleculen vernietigt.
Ubiquitine wordt (door enzymen) aan eiwitten gekoppeld die vernietigd moeten worden. Dit wordt herkend door het proteasoom: het eiwit wordt afgebroken en ubiquitine komt weer vrij. Kost energie.
Slide 2 - Slide
Eiwit afvalverwerking
Slide 3 - Slide
RNA interferentie
RNA intererentie: binden van kleine RNA fragmenten aan mRNA waardoor translatie niet meer mogelijk is
siRNA: small interfering RNA: wordt gebruikt als afweer tegen virus RNA
miRNA: micro-RNA gemaakt door de cel zelf om de translatie te remmen
Slide 4 - Slide
miRNA
1. Primair mi-RNA (microRNA)
wordt gemaakt in de celkern
(transciptie)
Slide 5 - Slide
miRNA
2. miRNA heeft palindroom delen
die er voor zorgen dat er een
haarspeld vorm ontstaat
Slide 6 - Slide
miRNA
2. miRNA heeft palindroom delen
die er voor zorgen dat er een
haarspeld vorm ontstaat
Slide 7 - Slide
miRNA
3. miRNA verlaat de celkern
Slide 8 - Slide
miRNA
4. Dicer knipt het primair miRNA in
stukjes ds miRNA
Slide 9 - Slide
miRNA
4. Het enzym Helicase verbreekt
de waterstofbruggen
--> enkelstrengs miRNA
Slide 10 - Slide
miRNA
5. 1 streng bindt aan RISC tot
miRISC
Slide 11 - Slide
miRNA
5. miRISC wordt aan mRNA
gebonden --> blokkade
Slide 12 - Slide
siRNA
1. Cel wordt geinfecteerd door
een RNA virus (ss of ds)
Slide 13 - Slide
siRNA
2. (ss RNA wordt ds RNA)
Slide 14 - Slide
siRNA
3. De cel bemerkt de aanwezig-
heid van dsRNA en maakt
enzym aan: dicer
Dicer is een nuclease, dit
verbreekt koppelingen tussen
nucleotiden (RNA)
Slide 15 - Slide
siRNA
4. Dicer knipt het dsRNA in stukjes
siRNA (small interfering RNA's)
Slide 16 - Slide
siRNA
5. Helicase verbreekt dsRNA in
ssRNA
Slide 17 - Slide
siRNA
6. Enkelstrengs siRNA bindt
aan RISC eiwit
Slide 18 - Slide
siRNA
7. Via RISC bindt het siRNA aan
het virale RNA -->blokkade
Slide 19 - Slide
Faag infecteert bacterie
Lytische cyclus
Faag DNA blijft gescheiden van het bacterie DNA
Slide 20 - Slide
Faag infecteert bacterie
Lysogene cyclus
Faag DNA wordt geïntegreerd in het bacterie DNA
Slide 21 - Slide
Bacterie bewaart faag DNA
De spacers zijn stukken DNA van eerdere besmettingen.
Er tussenin zit palindroom DNA (CRISPR)
Slide 22 - Slide
Bacterie bewaart faag DNA
Bij transcriptie van het CRISPR locus wordt CRISPR RNA gevormd
Slide 23 - Slide
Bacterie bewaart faag DNA
Bij transcriptie en translatie van het de Cas (CRISPR ASsiciated) genen worden een helicase en een nuclease Cas9 gevormd
Slide 24 - Slide
Bacterie bewaart faag DNA
Het CRISPR-RNA wordt geknipt in stukjes met steeds een spacer en een palidroom stuk: gids DNA
Slide 25 - Slide
Bacterie bewaart faag DNA
Gids DNA gecombineerd met Cas9 vormt een bacteriogaaf herkennings- en afbraak complex.
Slide 26 - Slide
Bacterie bewaart faag DNA
Helicase splitst het virus RNA naar enkelstrengs, het gidsRNA herkent een specifiek stuk bacteriofaag DNA en Nuclease Cas9 knipt het faag DNA stuk.
Slide 27 - Slide
paragraaf 18.5
Slide 28 - Slide
Technieken
DNA-micro array: aantonen actieve genen in de cel
2D electroforese: eiwitten scheiden op lading en gewicht
Massaspectografie: hoeveelheid eiwit van bepaald gewicht meten
Slide 29 - Slide
DNA micro array
1. mRNA uit een cel wordt geisoleerd
Slide 30 - Slide
DNA micro array
2. mRNA wordt met behulp van reverse transcriptase terugvertaald naar DNA (met fluorescerende nucleotiden)
Slide 31 - Slide
DNA micro array
Het cDNA bevat geen
introns
Het cDNA is
complementair aan
de coderende streng
(en niet aan het gen zelf!)
Slide 32 - Slide
DNA micro array
3. cDNA stukjes worden opgebracht op een micro-array
Slide 33 - Slide
DNA micro array
3. In de vakjes van die micro-array bevinden zich stukken van de coderende streng van interessante genen
Slide 34 - Slide
DNA micro array
3. Alleen de stukken cDNA die complementair zijn aan de DNA stukken in de vakjes blijven zitten
Slide 35 - Slide
DNA micro array
4. Je kunt zien van welke genen mRNA aanwezig was in de cel door de fluorescentie
Slide 36 - Slide
2D electroforese
1. Eiwitten worden in een pH kolom
gescheiden op basis van lading:
* bij een lage pH zijn eiwitten positief
geladen, bij een hoge pH negatief.
* bij een bepaalde pH is het eiwit neutraal
en blijft daar 'hangen' -> iso-elektrisch
punt
Slide 37 - Slide
2D electroforese
2. Eiwitten met hetzelfde iso-
elektrisch punt scheiden op
gewicht.
* eiwitten migreren naar de +pool
* kleine eiwitten migreren sneller
Slide 38 - Slide
Massaspectometrie
Eerst worden de eiwitten
ge-ioniseerd. Daarna
versneld. De iondetector
meet hoeveel ionen er
per tijdseenheid op
terecht komen. De zwaardere ionen (dus de zwaardere eiwitten) komen later dan de lichte
