Een arts plaatst een nefrostomiekatheter onder steriele omstandigheden. Nadat de huid plaatselijk verdoofd is, prikt de arts met een holle naald in de nier. Om de juiste plek te bepalen, brengt hij met een echoof röntgenapparaat de precieze ligging van het orgaan en de positie van de naald in beeld. Hij schuift een voerdraad door de holle naald, waarna hij de naald verwijdert. Vervolgens maakt hij de opening in de buik wat wijder, afhankelijk van de diameter van de katheter. Hij brengt de katheter met behulp van de voerdraad via de opening in de nier. Een klein ballonnetje aan de tip zorgt ervoor dat het slangetje niet uit het nierbekken kan glijden. De arts zet de nefrostomiekatheter aan de buitenzijde vast met een hechting op de huid. Net als bij een suprapubische katheter vormt het lichaam na een tijdje een fistel rondom het slangetje.