Auto-immuun betekent dat het immuunsysteem zich tegen het lichaam zelf keert. Een auto-immuunziekte ontstaat als er bij het opruimen van lichaamseigen celresten iets verkeerd gaat. Dit gebeurt bijvoorbeeld als goed werkende cellen worden opgeruimd door het lichaam. Hierdoor beschadigt het orgaan waarin deze cellen voorkomen. Bij een andere vorm van auto-immuunziektes ontstaan er ontstekingsreacties bij het opruimen van overbodige cellen.