Veel enzymmoleculen bevatten een niet-eiwitdeel naast aminozuurmoleculen: een cofactor. De cofactor is nodig voor de binding van het substraatmolecuul aan het enzymmolecuul. Een cofactor is anorganisch, zoals de metaalionen Mg2+ of Zn2+, of organisch, bijvoorbeeld een vitamine. In het laatste geval heet de cofactor ook wel co-enzym.