Naast de bacteriën zijn er ook nog de archaea. De archaea zien er qua cel bouw iets anders uit dan de bacteriën. Maar het grootste verschil zit in de plek waar ze kunnen leven.
Archaea zijn namelijk in staat om op extreme plekken op aarde te leven. Sommige archaea leven bij zeer hoge temperaturen, vaak hoger dan 100°C, zoals in geisers. Anderen worden juist gevonden in oceaanbodems, een zeer koude omgeving, of op plaatsen met veel zout, zuur, of alkalisch water. Micro-organismen die het goed doen onder zulke extreme omstandigheden worden ook wel extremofielen genoemd.