DNA isolatie/knippen en electroforese

DNA practica


Isolatie, knippen en electroforese
1 / 12
next
Slide 1: Slide
BiologieMBOStudiejaar 2

This lesson contains 12 slides, with text slides and 3 videos.

time-iconLesson duration is: 45 min

Items in this lesson

DNA practica


Isolatie, knippen en electroforese

Slide 1 - Slide

Isolatie
Welke barrières moet je doorbreken om bij het DNA te komen?

Hoe haal je het DNA uit de oplossing?
Celwand afbreken met lysozym
1
Celmembraan afbreken met zeep
2
Met ijskoude ethanol 96% laat je het DNA neerslaan

Slide 2 - Slide

Knippen
Doel: kleinere stukken maken zodat ze te scheiden zijn bij elektroforese

Knippen met behulp van              
Restrictie-enzymen (HinDIII)
Restrictie-site
De plaats waar het restrictie-enzym gaat knippen

Slide 3 - Slide

Faag DNA


48.490 basparen lang
Door HinDIII op 7 plekken geknipt               8 DNA fragmenten
Bacteriofaag
Een virus dat een bacterie kan infecteren.

Slide 4 - Slide

Knipmix
Buffer
Zorgt voor een optimale pH voor de restrictie-enzymen
HinDIII
Het restrictie-enzym dat we gebruiken om het DNA te knippen.
MilliQ water
Om de juiste verdunning te krijgen en genoeg volume om te pipetteren.
Monster 1
DNA van de bacterie toevoegen aan de E. coli knipmix
Monster 2
Faag DNA uit de bacteriofaag aan de faag knipmix toevoegen.

Slide 5 - Slide

Electroforese
Doel: DNA fragmenten scheiden op basis van grootte en lading.

Benodigdheden:
  1. Agarosegel werkt als filter, poriegrootte afhankelijk van de concentratie.
  2. Gelred wordt aan de gel toegevoegd, dit hecht aan het DNA en licht op met UV licht.
  3. Electroforesebak met TAE bufferoplossing: geleidt de stroom en houdt de pH constant

Slide 6 - Slide

Slide 7 - Video

Monster voorbereiding
                                    toevoegen aan de DNA monsters:
  1. Verzwaren van het DNA zodat het in de slotjes zakt.
  2. Geeft het DNA een blauwe kleur zodat het zichtbaar is met het blote oog.
Sample buffer
Ook wel Loading buffer of Loading dye genoemd

Slide 8 - Slide

Slide 9 - Video

Electroforese
DNA is negatief geladen en zal richting de positieve pool migreren.
Kleinere fragmenten kunnen sneller en makkelijker door de poriën in de agarose gel en komen verder.
Fragmenten van gelijke grootte 
vormen een "bandje" in de gel.

Slide 10 - Slide

Verwachtingen
Bacterie DNA
Deze strengen zijn te groot om te electroforeren, zelfs na knippen met HinDIII. Ze blijven in het slotje en migreren niet de agar in.
1
Faag DNA
Het faag DNA is in 8 fragmenten geknipt door HinDIII. Je verwacht dus 8 bandjes te zien.
2

Slide 11 - Slide

Slide 12 - Video